Самарканд, один из древнейших городов Узбекистана, основанный во второй половине первого тысячелетия до нашей эры как сельскохозяйственный центр в долине реки Зеравшан, те, кто правил областями, разработали сложную систему ирригационных каналов. Являясь столицей  древнего государства Согдиана, Самарканд упоминается в священном писании зороастрийцев «Авесте», как Согд, отчетах персидских царей Ахеменидской державы. Авторитетный биограф Александра Македонского Арриан называл столицу Согда Мараканда.

В Варахше, древнем городище, расположенном в сорока километрах от Бухары, первые раскопки начались в 1937 году археологом, востоковедом Василием Афанасьевичем Шишкиным. Варахша, являвшаяся частью древнего поселения,  определялась как столица доисламских правителей в Бухарском оазисе – бухар-худатов. Археологи обнаружили фрески, иллюстрирующие людей и животных, такие декорации запрещены исламом. Некоторые ученые предположили, что некоторая настенная живопись была выполнена по время правления бухар-хадата Буаният Тогходжа,  правившего в исламские времена, но поддержавшего Муканны восстание (антифеодальное и антиарабское восстание восьмого века известное  как восстание людей в белых одеждах) и убитого прямо во дворце. 

Области вокруг Бухары, пятого крупнейшего города Узбекистана, населялись в течение пяти тысячелетий. Рождение самого города можно отнести к 500 году до нашей эры, когда три небольших укрепленных поселения были обнесены каменной стеной - «шахристан», окруженный поселениями ремесленников  - «рабад».  Бухара вошла в историю как вассальное государство в Персидской империи. Позже она переходила к Александру Македонскому, Селевкидам, греко-бактрийцам, находилась в составе Кушанской империи. Расположенный на Великом шелковом пути, город являлся ключевым центром торговли.